Ebaõnnestumiste jada sai jätku ka lühirajaujumise MK-etapil Berliinis, kus 200 m kompleksujumises võttis esikoha lõuna-aafriklane Darian Townsend, Phelps lõpetas teisena. Townsend võitis maailmarekordiga 1.51,55, Phelpsi aeg oli aga 1.53,70.
Sellest finaalist kõigest mõni tund varem ei suutnud Phelps end võidelda 200 m vabaujumise finaali ning pidi tunnistama oma põlise rivaali Paul Biedermanni paremust.
Esimest korda viimase nelja aasta jooksul kaotas Phelps Biedermannile juulis maailmameistrivõistluste 200 m vabaujumise finaalis ning nüüd lootis ameeriklane revanši võtta, paraku jäi ta sellest üsna kaugele. Biedermann aga võitis eilse finaali maailmarekordilise tulemuse 1.42,73ga. Phelps sai ajaga 1.44,07 kokkuvõttes 12. koha.